המרכז הרפורמי החל לעקוב בדאגה מאז פברואר 2012 אחר פתיחת מסגרות לחרדים בהן מתאפשרת למידה בהפרדה מלאה בין גברים לנשים. למרבה הצער, מסתבר שרבות מהסכנות עליהן התרענו התממשו. אם בתחילה דובר על הפרדה רק במסגרות של מכינה ותואר ראשון, הנה,הנה עתה עומדת לפתחנו כוונה להרחיב את ההפרדה גם למסגרות של תואר שני. נזכיר,כי כל העת התרענו כי מדובר במדרון חלקלק ולא בניסיון נקודתי לסייע לחרדים להשתלב בהשכלה הגבוהה. מרגע שההפרדה המגדרית הוכשרה במסגרות של מכינה ותואר ראשון, היא הולכת ומתרחבת אל התואר השני תוך פגיעה בעקרונות יסוד שלא לתכלית ראויה וכאשר ניתן לאפשר לחרדים להשתלב בעולם ההשכלה והתעסוקה גם בלעדיה.
הרחבת ההפרדה המגדרית בהשכלה הגבוהה לתארים מתקדמים אינה נכונה. היא יוצרת מסלולים מבודדים המנוגדים לעקרונות היסוד של השיטה. במקום זאת, יש לפעול לשילוב הציבור החרדי באקדמיה באמצעות סיוע כלכלי ותרבותי, שיאפשר לסטודנטים חרדים להשתלב במערך הלימודים הכללי, להכין אותם לעולם התעסוקה ולפתוח בפניהם את הדלת להשתלבות בחברה.
בג"ץ קבע כי הרחבת ההפרדה המגדרית לתארים מתקדמים מנוגדת לעמדת בג"ץ, ולכן המועצה להשכלה גבוהה (מל"ג) החליטה לערוך בדיקה מעמיקה לגבי המשמעויות המקצועיות והאקדמיות שלה עד סוף 2024. המועצה דחתה את הדיון בהרחבת ההפרדה המגדרית לתארים מתקדמים, אך אישרה תוכנית להקמת שלוחות חדשות לחרדים ותמיכה בסטודנטים חרדים הלומדים במסלולים רגילים. אם יוחלט להרחיב את ההפרדה המגדרית לתואר שני לאחר הבדיקה, היא תחל בשנת הלימודים האקדמית 2026-2025.
החלטת המועצה קיבלה תמיכה מוועדת ההיגוי של התוכנית שהמליצה שלא לדון בנושא עד שיבוצעו בדיקות לגבי הפתיחה של תארים שניים טיפוליים בהפרדה מגדרית, תוך התייחסות למוטיבציה והסיבות המונעות מסטודנטים חרדים להגיע לתארים מתקדמים. הבדיקה תסקר גם את המענים הנדרשים עבורם.
הרחבת ההפרדה המגדרית לתארים מתקדמים נוגדת את החלטת בג"ץ מ-2021, שקבע שאין להרחיב את ההפרדה מעבר למצב הקיים – הפרדה בתואר ראשון בלבד. שופטת העליון ענת ברון ציינה כי "הפרדה מגדרית יוצרת רעב שאין לו שובע".
ד"ר יופי תירוש מהפקולטה למשפטים באוניברסיטת תל אביב, יוזמת העתירות לבג"ץ נגד ההפרדה באקדמיה, התבטאה בנוגע להרחבת ההפרדה לתארים שניים ואמרה כי היה טוב לו הדיון לא היה עולה כלל לשולחנה של המועצה להשכלה גבוהה. לדבריה, ההפרדה כאמצעי זמני לשילוב חרדים היא שגויה מיסודה וניסיון השנים האחרונות מלמד שהפרדה היא רק תחנה בדרך לעוד הפרדה בזירות נוספות. היא הביעה תקווה שהמחקר שייערך יהיה אקדמי ולא יסמן את המטרה סביב החץ כפי שקרה בעבר.
לסיום, ד"ר יופי תירוש הצביעה על כך שהפרדה מגדרית לא הייתה מתרחשת אילולא בג"ץ הורה לגרום לשיתוף פעולה בין חרדים לחילונים באותו מוסד אקדמי ללא תירוצים.
כיום מקודמת הצעת חוק של ח"כ לימור סון הר מלך מעוצמה יהודית עוקפת את פסיקת בג"ץ מ-2021, שקבעה שאין להפריד בין גברים לנשים באקדמיה לתארים מתקדמים או להדיר מרצות ממסלולים לגברים. ההצעה מרחיבה את ההפרדה המגדרית גם לתארים מתקדמים, והתקבלה בניגוד לעמדת היועצת המשפטית לממשלה.