מאז הקמתו סימן המרכז את המאבק בגזענות כסוגיה מרכזית שיש להשמיע בה קול יהודי ייחודי. במסגרת זו זכה המרכז בתביעה שהגיש יחד עם ארגון מוסאווא כנגד אתר "עבודה עברית" שהתיר רק לבעלי עסקים ולדורשי עבודה יהודים לפרסם בו. בנוסף, המרכז יחד עם עו"ד אסף פינק מטפל בתביעה שעודנה תלויה ועומדת כנגד חברת גט טקסי שמפעילה שרות מפלה של "גט מהדרין" אשר מטרתו להציע שירות מוניות ללא נהגים ערביים.
באוגוסט 2017 החליט המרכז הרפורמי לדת ומדינה לטפל באופן באופן שיטתי יותר במופעי גזענות ולצורך כך הקים המרכזבשיתוף המטה למאבק בגזענות, את המרכז לנפגעי ונפגעות גזענות. מטרת הקמת המרכז לנפגעי גזענות היא להוות כתובת לנפגעי גזענות על מופעיה השונים – גזענות במקום העבודה, גזענות במקרים צרכניים, תקיפות אלימות, הסתה ועוד. המרכז לנפגעי גזענות קם כדי לסייע לנפגעי פשעים אלה לעמוד על זכויותיהם החוקיות ולקבל סיוע משפטי ונפשי (בסיוע עמותת עו"סים שלום) לפי הצורך. המרכז מפרסם דו"חות שמאפשרים ללמוד על היקף תופעת הגזענות וממדיה. מאז שהוקם, טיפל המרכז במעל מאתיים פניות בנושאים שונים ומהווה את הגורם שהעביר את מספר הפניות הגדול ביותר ליחידה הממשלתית לתאום המאבק בגזענות.
כמו כן, יזם המרכז לנפגעי גזענות קמפיינים ציבוריים כנד גזענות, למשל קמפיין כנגד אפליה בכניסה לבריכות מטעמים גזעניים, קמפיין בנושא פרופיילינג גזעי ועוד.
כמה מן הפניות למרכז לנפגעי גזענות הגיעו לידי תביעות משפטיות, ובהן:
- הצטרפנו לתובענה ייצוגית שהגישו ערבים שנמנעה כניסתם לבריכה בקרית גת, וניצחנו
- הגשת תביעה בשם אישה ערביה שביקשה להכניס את רכבה לצורך טיפול במוסך אשר סיפק שרות של הסעה לבית הלקוח לאחר מסירת הרכב. כשהתגלה שהיא מתגוררת בכפר קאסם נאמר לה כי לא ניתן לספק את השרות. בעקבות הגשת התביעה. בעקבות התביעה הנפגעת קיבלה פיצוי.
- הגשת תביעה בשם אדם מקהילת העבריים שרופאה כינתה אותו בהפניה רפואית שנתנה לו "nigger". בעקבות התביעה, הודיעה הנתבעת שתספק שרות שוויוני לכל לקוחותיה והסכימה לשלם לתובע פיצוי.