בשני העשורים האחרונים מוביל המרכז הרפורמי מאבק כנגד הדרת נשים והפרדה מגדרית במרחב הציבורי. הדרישה להפרדה מגדרית אינה מקובלת על כל בני ובנות הציבור החרדי, ויש רבים מתוכם שמתנגדים לה. במשך שנים, יישרה המדינה קו עם ההקצנה ההולכת וגוברת אולם בעקבות פעילות מאומצת של המרכז, חל שינוי בעמדת המדינה אשר הפנימה כי המדובר בפעילות בלתי חוקית. שינוי זה בא לידי ביטוי בשנת 2013 כאשר היועץ המשפטי לממשלה פרסם דו"ח בנושא שלראשונה קיבל את עמדת המרכז וקבע שהפרדה מגדרית פוגעת בשוויון ובכבוד ואין לאפשר אותה במדינה דמוקרטית. הדו"ח אומץ על ידי היועץ המשפטי לממשלה ועל ידי ממשלת ישראל. מאז חל שינוי בעמדת משרדי הממשלה שהחלו להיאבק בתופעה. במקביל, בעקבות פעילות המרכז, עלה הנושא לסדר היום הציבורי וכיום יש תמיכה רחבה בציבור הישראלי בצורך להיאבק בתופעה החמורה. המרכז ממשיך לשמש כגורם מוביל במאבק בהדרת נשים בזירות שונות.