ברחבי המדינה פועלים בתי כנסת אורתודוכסיים רבים שקיבלו קרקעות ותקציבי בינוי מהרשות המקומית. בעקבות עתירה שהגיש המרכז הרפורמי בשנת 1999 פרסם משרד הפנים ״נוהל הקצאת קרקעות ומבנים ללא תמורה או בתמורה סמלית", שקובע הליך שמטרתו לשמור על עקרונות השוויון והמנהל התקין בהקצאת משאבי ציבור על ידי הרשות המקומית.
עם זאת, לאורך השנים נאלצו הקהילות הרפורמיות ברשויות מקומיות שונות ברחבי הארץ להתמודד עם מאבק סיזיפי להשגת הקרקעות והתקציבים הדרושים להן. זאת לרוב עקב גורמים אורתודוקסיים בקואליציה המקומית שמנסים לטרפד הקצאה לקהילות רפורמיות , וראשי ערים שחוששים לקדם הקצאות אל מול התנגדויות אלה על כן, לרוב נדרש מאבק משפטי ארוך על מנת לממש את זכותן של הקהילות לקבל יחס שוויוני. המרכז הרפורמי נאבק למען הקצאת קרקעות, מבנים ותקציבים לבתי כנסת רפורמיים, על בסיס חובת רשויות המדינה והרשויות המקומיות לחלוקת משאבים לאור עקרונות השווין, חופש הדת והפלורליזם.
דוגמה למאבק המרכז בעניין זה הוא סיפורה של הקהילה הרפורמית בגדרה, קהילת יוב"ל, אשר נאלצת להיאבק מזה שנים ארוכות למען זכותה לקבל קרקע לבניית בית כנסת. למרות שהקהילה פועלת בגדרה כבר שנים והיא הקהילה הלא אורתודוכסית היחידה בעיר, המועצה מסרבת להקצות לה קרקע לשם הקמת בית כנסת רפורמי, ועל כן הקהילה נאלצת להתפלל במבואה של בית ספר שאינה מתאימה לשמש כבית כנסת. זאת בשעה שבעיר פועלים עשרות בתי כנסת אורתודוכסיים, רבים מהם ממבנים שהוקצו להם על ידי המועצה. המרכז הרפורמי הגיש חמש עתירות בשם הקהילה בגדרה, אך עד כה לא עלה בידה לזכות בהקצאת קרקע. באחד מפסקי הדין ביקר בית המשפט את התנהלות ראש המועצה ופסק :״יחס שונה ומפלה מקבלת העותרת.. דעותיו האישיות של המשיב אינן יכולות להכתיב את פעילות המועצה בחלוקת משאבי ציבור, ושקילת דעה אישית זו היא בבחינת שיקול זר״ .
המרכז הרפורמי פעל על מנת להבטיח שתקציבי מדינה למימון בתי כנסת יוקצו גם לקהילות רפורמיות וקונסרבטיביות. בעקבות פעילות המרכז, פרסם משרד השיכון (שהיה אחראי אז לתקציבי בינוי בתי כנסת) בשנת 2006 קריטריונים להקצאת תקציבי בינוי לבתי כנסת שלראשונה קבעו שיש לתת מענה לכל הזרמים כולל לזרם הרפורמי. בעקבות זאת, הוקצו לראשונה בשנת 2008 תקציבים להקמת 4 בתי כנסת רפורמיים ובית כנסת קונסרבטיבי. מאז עבר התחום לאחריות המשרד לשרותי דת, שמימן באופן חלקי הקמה של בתי כנסת
בעקבות פעילות המרכז, הורה בית המשפט על הקצאת מבנה לקהילה הרפורמית בנתניה ועל קידום הליכי הקצאה לקהילות הרפורמיות בראש העין והוד השרון.
המרכז הרפורמי ימשיך במאבקו להקצאת קרקעות ומבנים לצורך הקמת בתי כנסת לקהילות הרפורמיות, על מנת להבטיח לתושבים אפשרות לתפילה שוויונית, כפי שמתחייב מעקרונות היסוד של שוויון, פלורליזם וחופש דת.
