לאחר שהמנהלת סרבה לשתף פעולה עם התנועה הרפורמית והקונסרבטיבית, המרכז הגיש בשמן בשנת 2017 עתירה לבג“צ בדרישה שהמנהלת תפעל לשיתוף התנועות בפעולותיה. בג"ץ סרב להתערב בטענה שמדובר בעתירה כוללנית אך הדגיש כי "חובת המדינה להבטיח גישה פלורליסטית ושוויונית בפעילות המנהלה – היא אכן סוגיה בעלת חשיבות ציבורית רבה".
בית המשפט הציע לתנועות להגיש הצעות למכרזים שמפרסמת המנהלת. התנועה הרפורמית הגישה הצעה למכרז "אוהבים את השבת" שנפסלה עקב פגם טכני אולם הצעה של העמותה אורתודוכסי עם פגם דומה לא נפסלה. המרכז הרפורמי הגיש עתירה בעניין זה, שהתקבלה. בית המשפט קבע כי אכן וועדת המכרזים של המשרד לשרותי דת נקטה ביחס שונה כלפי הצעת המרכז הרפורמי, באופן הפוגע בעיקרון השוויון.
בעקבות כך, בוטלה הפסילה, הצעת המרכז הרפורמי הוחזרה לוועדת המכרזים, שהחליטה לקבלה. בעקבות הזכייה במכרז, כיום מנהלת הזהות היהודית מממנת סמינרי שבת שמקיימת התנועה הרפורמית.