משרד החינוך תומך בארגונים המלמדים יהדות בחינוך הממלכתי באמצעות מבחני התמיכה במוסדות ציבור שהם "מרכזים להעמקת החינוך היהודי". לאחר מאבק של המרכז, תוקנו מבחני התמיכה בשנת 2007 באופן שקבע שתינתן עדיפות בתקצוב לארגונים פלורליסטיים הפועלים ברוח דוח שנהר. בשנת 2019, ועל אף ההכרה החוזרת בדו״ח שנהר מצד משרד החינוך, תוקנו מבחני התמיכה באופן שביטל בהם כל אזכור של דוח שנהר וביטל את ההעדפה לארגונים פלורליסטיים. בנוסף נקבע כי הפיקוח על מבחני התמיכה ייעשה על ידי האגף לתרבות יהודית, אגף בעל אוריינטציה אורתודוכסית ולא פלורליסטית.
ביולי 2019 הגיש המרכז עתירה בשם התנועה הרפורמית ובשם ארגון ״פנים״ כנגד תיקון המבחנים בטענה כי חינוך ליהדות בחינוך הממלכתי חייב להילמד באופן פלורליסטי. באפריל 2021 התקבלה העתירה על ידי בית המשפט העליון, שמתח ביקורת חריפה על משרד החינוך וקבע שדו"ח שנהר נותר העיקרון המנחה של משרד החינוך בתחום לימודי היהדות, ולכן יש להמשיך ולוודא שהפעילות בתחום זה מקיימת את אמות המידה הקבועות בו, ולפקח על כך.
עם זאת, גם לאחר קבלת העתירה, לא נעשתה בחינה מחדש של אופי המפקחים על מבחני התמיכה, והפיקוח נותר בידי האגף לתרבות יהודית, הפועל כיום תחת המשרד להתיישבות ולמשימות לאומיות שבראשו עומדת השרה אורית סטרוק ממפלגת הציונות הדתית. המרכז הרפורמי הגיש נייר עמדה בנושא לוועדת החינוך, התרבות, והספורט בפברואר 2023, וימשיך להאבק למען חינוך ליהדות פלורליסטית, באופן המציג את מגוון הזרמים ביהדות.
מעבר לכך, לפי סעיף בהסכם בין הליכוד למפלגת נעם, לאבי מעוז תהיה אחריות לקבוע האם ואיזה גופים ותכנים חיצוניים ייכנסו למערכת החינוך בישראל, כך שיקבל לידיו את האחריות על היחידה לתוכניות חיצוניות במשרד החינוך. המרכז הרפורמי רואה את הבעייתיות הרבה בכך שאדם שהתבטא בצורה כמלאת שנאה כלפי הקהילה הגאה, וקהילות נוספות יהיה האדם שאמון על ביטחון הנוער במערכת החינוך, ולכן עוקב באדיקות אחרי עניין זה.
