מדינת ישראל מממנת שרותי דת בהיקף נרחב אולם המימון מועבר כמעט כולו רק לזרם האורתודוכסי-חרדי. במסגרת פעולתו לקידום חופש הדת, פועל המרכז להשוואת זכויותיהן של התנועות הליברליות בארץ לזכויות שמעניקה המדינה לזרם האורתודוכסי.
- בזכות מאבקי המרכז, החלה המדינה לממן את משכורותיהם של רבנים רפורמיים וקונסרבטיביים – תחילה במועצות אזוריות ובהמשך גם בקהילות עירוניות.
- בזכות מאבקי המרכז, החלה המדינה לממן בנייה של מבני בתי כנסת רפורמיים וקונסרבטיביים ברחבי הארץ.
- המרכז מסייע לקהילות רפורמיות במאבקן מול רשויות מקומיות להקצאת קרקע, מבנים ותקציבים לצורך הקמת בתי כנסת.
- הוכרו גיורים רפורמיים וקונסרבטיביים לצורך קבלת אזרחות מכח חוק השבות.
- המרכז פועל ליישום מתווה הכותל, על מנת שבכותל המערבי תהיה חלופה אמיתית לתפילה שוויונית.
- המרכז נאבק בהסתה כנגד התנועה הרפורמית.