מגילת העצמאות מבטיחה כי בישראל יונהג חופש דת ומצפון, אולם במציאות המונופול האורתודוכסי של הרבנות הראשית מביא לפגיעה קשה בחופש הדת של אזרחי ואזרחיות ישראל. בנישואים, בגיור, בכשרות, בקבורה, בכותל, בארועי תרבות יהודית המתקיימים במרחב הציבורי ועוד, בכל אלו מוצעת לאזרחי ישראל רק חלופה אורתודוכסית באמצעות הרבנות ראשית.
- המרכז מאתגר את המונופול האורתודוכסי באמצעות דרישת שוויון זכויות לשרותי דת של התנועות הליברליות (התנועה הרפורמית והתנועה המסורתית), כגון:
- דרישה להשוואת זכויותיהם של זוגות שנישאים באמצעות התנועות הליברליות ואשר מוגדרים כידועים בציבור, לזכויותיהם של זוגות נשואים.
- מאבק ארוך שנים שהסתיים בהצלחה להכרה בגיור רפורמי ומסורתי שנערך בארץ או בחו"ל לצרכי חוק השבות ולצרכי חוק מרשם אוכלוסין.
- מאבק פורץ דרך של המרכז בזכותו מסעדות יכולות לעשות שימוש בשרותי השגחה של גופי כשרות מחוץ לרבנות הראשית.
- זכייה בעתירה כנגד עיריית ירושלים בה נפסק כי העירייה מחויבת לממן ארועי תרבות יהודית פלורליסטית במרחב הציבורי.
- מאבק למען קידום אפשרות קבורה אזרחית בירושלים ובמקומות נוספים.
- הובלת המאבק המשפטי להקמת רחבת תפילה שוויונית בכותל המערבי ('עזרת ישראל'), שתהווה חלופה אמיתית לרחבת התפילה המרכזית המופרדת.
- הובלת חזון של הפרדה מוסדית של הדת והמדינה לפיו המדינה תמשיך לממן שרותי דת אך תעשה זאת באופן שוויוני ביחס לכל הזרמים והקהילות, כאשר בניגוד למצב הקיים – אף זרם לא יזוהה עם השלטון.
- יצירת מרחב ציבורי סובלני ומכבד ללא כפייה דתית. במסגרת זו פועל המרכז לקידום תחבורה ציבורית בשבת (במתכונת מותאמת ליום המנוחה) ולמען זכותם של מי שאינם אורתודוכסיים לסרב לעבוד בשבת.
